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Curso

COMPOSITIONAL CONCEPTS AND TOOLS FOR OMICS ANALYSIS

  • Desde: 13/2/19
  • Hasta: 15/2/19
  • Campus de Valencia
  • Idioma: Castellano
  • Presencial

Preinscripción desde el 9/1/19

Promovido por:
Instituto Universitario de Ciencia y Tecnología Animal

Responsable de la actividad:
Agustin Blasco Mateu

Inscripción online cerrada

Modalidad

Presencial Online Emisión en directo

17 horas

0 horas

0 horas
Horario

Mañana y Tarde
Miércoles 13: 15:30-19:30
Jueves 14: 9:30-14:00 y 15:30-19:30
Viernes 15: 9:30-14:00

Lugar de impartición
Instituto de Ciencia y Tecnología Animal Edificio G7. Planta baja. Aula 1
Certificación

Asistencia

Modalidad

PRESENCIAL

Curso

2018-2019

ECTS

0

Campus

Valencia

17 h

Presenciales

0 h

Online

Ver condiciones de la actividad
Precio Colectivo
50 € Público en general 
50,00 € - Público en general

El curso se podrá seguir remotamente a través de Policonecta

Objetivos

Analizar correctamente datos de composición, singularmente los datos -ómicos (metagenoma, microbioma, transcriptona, etc.).

Acción formativa dirigida a

Investigadores que estén analizando datos de composición, preferentemente de tipo -ómicos (microbioma, metagenoma, metaboloma, etc.).

Profesores

  • Juan-Jose Egozcue Profesional del sector
  • Vera Pawlowsky Profesional del sector

Metodología didáctica y sistemas de evaluación

Clase magistral y prácticas con ordenador (LapTop).

El curso se imparte en castellano con diapositivas y material escrito en inglés

Temas a desarrollar

Session 1:
Spurious correlation in omics data.
Omics data are compositional, even when there are zeros. Principles and definition of compositions.
Specific tools for compositional analysis: variation matrix, CoDa-principal components and CoDa-dendrograms.
Introduction to CoDaPack and first exercises.

Session 2:
Zeros in compositional data sets. First approach to count data.
Data sets contributed by the attendants. Discussion of problems.
More on CoDa-principal components, variation matrix, and their interpretation.
Discussion of some microbiome data set or similar (CoDaPack).

Session 3:
Compositions represented in Cartesian coordinates (ilr).
Regression with compositional response.
Linear association of taxa and its detection.
Practical session using R.

Session 4:
Large compositions: orthogonal projections, grouping taxa, amalgames,
Principal balances.
"Selbal" as a method to simplify explanatory variables.
Discussion of selected cases (practical session).

Contacto

Página web: http://acteon.webs.upv.es/cursos/curso...

Inscripción online cerrada

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