Curso

COMPOSITIONAL CONCEPTS AND TOOLS FOR OMICS ANALYSIS

Datos básicos

Fechas de inicio y fin

Del 13/02/19 al 15/02/19

Fecha de matrícula

Preinscripción desde el 9/01/19
Matrícula desde el 16/01/19 12:07


Duración

17 horas presenciales,

Lugar de Impartición

Instituto de Ciencia y Tecnología Animal
Edificio G7. Planta baja. Aula 1
VALÈNCIA

Objetivos

Analizar correctamente datos de composición, singularmente los datos -ómicos (metagenoma, microbioma, transcriptona, etc.).

Horario

MAÑANA Y TARDE

Miércoles 13: 15:30-19:30 Jueves 14: 9:30-14:00 y 15:30-19:30 Viernes 15: 9:30-14:00

Precio

50 €
50,00 € - Público en general

El curso se podrá seguir remotamente a través de Policonecta



Temas a desarrollar

Session 1:
Spurious correlation in omics data.
Omics data are compositional, even when there are zeros. Principles and definition of compositions.
Specific tools for compositional analysis: variation matrix, CoDa-principal components and CoDa-dendrograms.
Introduction to CoDaPack and first exercises.

Session 2:
Zeros in compositional data sets. First approach to count data.
Data sets contributed by the attendants. Discussion of problems.
More on CoDa-principal components, variation matrix, and their interpretation.
Discussion of some microbiome data set or similar (CoDaPack).

Session 3:
Compositions represented in Cartesian coordinates (ilr).
Regression with compositional response.
Linear association of taxa and its detection.
Practical session using R.

Session 4:
Large compositions: orthogonal projections, grouping taxa, amalgames,
Principal balances.
"Selbal" as a method to simplify explanatory variables.
Discussion of selected cases (practical session).

Más información

Acción formativa dirigida a:

Investigadores que estén analizando datos de composición, preferentemente de tipo -ómicos (microbioma, metagenoma, metaboloma, etc.).

Metodología didáctica:

Clase magistral y prácticas con ordenador (LapTop).

El curso se imparte en castellano con diapositivas y material escrito en inglés

Conocimientos previos necesarios:

Conocimientos elementales de genética y microbiología.

Algebra lineal elemental -espacio vectorial Euclídeo-

Estadística multivariante a nivel elemental (media, varianza, box-plot, regresión lineal, componentes principales).

Otra información

1 Lap Top obligatorio con R y R-studio instalados

2. Es conveniente tener CoDaPack instalado (http://ima.udg.edu/codapack/ ) , pero se puede instalar durante el curso.

Responsable de actividad

Agustin Blasco Mateu

Profesorado

espacioJuan-jose Egozcue
espacioVera Pawlowsky

Contacto

Correo electrónico

Marina Martínez Álvaro

Promovido por

INSTITUTO UNIVERSITARIO DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA ANIMAL


Condiciones

Condiciones generales

Consulte las Condiciones generales de la actividad.

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